Bueno, además de todos los consejos normales, como ejecutar con cierta regularidad los comandos:
#apt-get autoclean
#apt-get clean
#apt-get autoremove
y por supuesto instalar el localepurge de idiomas, más quitar los antiguos kernels, hay una utilidad que he descubierto vía Ubuntips y que me parece muy interesante. Se llama bleachbit y te ayudara, de forma grafica, a ganar espacio en tu disco duro, dandote a elegir, entre otras opciones, a eliminar ficheros temporales, de privacidad, .. y configuraciones de aplicaciones mas usadas.